Налоговая выносит решение о проведении выездной проверки физического лица, в том числе утратившего статус индивидуального предпринимателя, по месту его жительства. Но в соответствии с п. 5 ст. 91 Налогового кодекса доступ должностных лиц инспекции, которые проводят проверку, в жилые помещения помимо или против воли проживающих в них физлиц не допускается кроме случаев установленных федеральным законом, или на основании судебного решения.
Данное мнение выражено в письме Минфина России от 24 декабря 2012 г. N 03-02-08/109.
Следуя из выше сказанного получается что проверку можно провести по месту жительства индивидуального предпринимателя.